Les débuts du Rouge-Cloître remontent au 14e siècle au moment où des ermites vinrent s’installer dans ce lieu relativement inhospitalier. Dès 1367, la duchesse de Brabant les autorise à construire des cellules et une chapelle et leur fait don des terres et des étangs environnants.  En 1373, les moines adoptent la règle de Saint Augustin.

Le nom de « Roodclooster » ou « Rouge-Cloître » donné au site dès 1380, viendrait du mortier rouge qui recouvrait alors les murs des bâtiments communautaires. Une autre hypothèse serait que le monastère et son église aient été construits sur une partie défrichée de la forêt. Car en néerlandais, « rooien » signifie « déterrer, arracher », d’où l’utilisation du préfixe « roo » ou « rode ».

Les ducs de Brabant, puis les princes bourguignons vont favoriser le développement du Rouge-Cloître par de nombreux dons.

Les bâtiments monastiques furent entourés d'une large enceinte en briques qui existe encore partiellement. Les moines drainèrent le terrain marécageux avoisinant. Ils plantèrent des arbres fruitiers, des vignes et des cultures maraîchères. Il y avait aussi à proximité, une quinzaine d’étangs qui servaient à la pisciculture.

Le prieuré devint un foyer de vie spirituelle, mais aussi artistique. Les manuscrits, enluminures et reliures qui y furent réalisés firent la réputation des lieux au 15e siècle. Le célèbre peintre Hugo Vander Goes y vécut d’ailleurs quelques années.

Pillé et partiellement détruit en 1572, le Rouge-Cloître connut au cours des deux siècles suivants plusieurs campagnes de restauration.

En 1784, la suppression des ordres contemplatifs par l'empereur Joseph II chassa les moines du Rouge-Cloître. En 1790, seize d’entre eux revinrent sur les lieux et commencèrent la restauration du site en grande partie démoli. Deux ans plus tard, ils furent à nouveau contraints de quitter les lieux. 

Après avoir servi de casernement pour des militaires, puis accueilli une filature de coton, une teinturerie, un atelier de tailleur de pierre et une auberge, le site du Rouge-Cloître fut acquis par l’Etat belge en 1910 et cédé à la Région bruxelloise en 1992.